根据绿色和平近日发布的调研报告，目前我国的转基因研究都是基于孟山都等国外企业核心专利的基础之上，而孟山都每两、三年就会对其核心专利进行专利保护延长。
“专利的问题是无解的。类似于孟山都这样的机构是转基因的绝对控制者，包括学术和政治上的操控。”绿色和平农业项目部主任俞江丽向21世纪网表示。
这意味着，无论外界做怎样的努力，转基因的专利壁垒都难以被攻破，而一旦商业化之后，我国要交给国外企业与机构巨额的专利使用费。
另一方面，由于相关机构的监管不力，转基因作物已经被有意无意的使用在食品当中(详情见21世纪网独家报道《南方食品豆粉被爆含转基因政策滞后知情权受阻》。更重要的是，在国家未批准商业化的前提下，本应在实验室环节存在的转基因大米已经在市场的流通渠道中出现，悄然威胁人们的餐桌。2009年10月到2010年4月，浙江省出口欧盟米制品中的转基因阳性检出率高达17.2%。
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在转基因作物的研发过程中，中国政府一直强调自主知识产权的重要性。2008年，我国批准了总金额高达200多亿人民币的转基因生物新品种培育重大专项资金，旨在发展本国的转基因技术。
但是，目前我们所有的转基因研究都是建立在国外核心专利的基础之上，如果想要使转基因商业化，国外掌握的“专利使用权”是一道绕不过去的坎。一旦转基因作物涉及到国外专利，将逃不开“专利网络”的控制，其影响将远远超出20年的专利保护期。
以我国最著名的转基因产品“克螟稻”为例。“克螟稻”研究是由浙江农业大学（现浙江大学）原子核农业科学研究所植物保护系，以及加拿大渥太华大学生化系农业生物技术实验室共同完成，对二化螟、三化螟等鳞翅目害虫具有抗性。
不过，根据绿色和平的报告，有10项国外专利与“克螟稻”相关，此外还有文献中没有提到的研发过程中所用方法等。因此，如将所有相关的基因、元件、技术和方法等都列出，那么该转基因水稻涉及到的专利可能达12项以上，均被国外生物技术公司包括孟山都、先正达、先锋等持有。
根据在转基因研究中广泛认可的《材料转移协议》的规定，基因或者转基因植物用于科研时可无偿使用，若希望用于商业目的，则需在商业化之前进行一次谈判并签署一份特别的协议以确保材料提供方能够获得经济利益。这就是说，如果将“克螟稻”转为商用，那么最大受益者之一将是国外专利持有机构。
更重要的是，所谓的“20年专利使用期”在转基因领域得到了规避。
据悉，孟山都每两、三年就会对其核心专利进行专利保护延长，而延长的手段主要是对基因序列进行小范围改动和修饰，变为“新”专利。以核心专利US6,017,534为例，权利要求书要求保护核心专利US6,017,534所涉及的5个Bt蛋白，而要实现对该专利所有权的延期，孟山都只需在“新”专利中使用略微更改甚至完全一样的蛋白即可。
绿色和平的研报表示：专利保护的有效期远远不止20年，每一粒转基因水稻种子，也远远不只涉及到一两项专利，期待以专利过期来保障自主知识产权只能是一厢情愿。对于中国来说，一旦受到了国外专利的控制，就会逃不出专利的陷阱，将长期受制与人。
“专利的问题是无解的，类似于孟山都这样的机构是转基因的绝对控制者。”俞江丽对21世纪网表示。
地下流通
花费巨资研发的转基因技术尚未突破国外的专利枷锁，然而研发过程中带来的问题却已在流通环节显现。
2008年，中国批准了总金额高达200多亿人民币的转基因生物新品种培育重大专项资金，旨在发展本国的转基因技术。然而，面对着跨国公司的专利垄断，这些投入或许将“打水漂”。